公司用的合同专用章要备案，公司的合同专用章经过备案之后可以更好的保护自己的合法权益，一般公司签订合同会盖合同专用章，当事人应当按照合同约定履行义务。
一、公司用的合同专用章要备案吗
公司用的合同专用章要备案，因为如果不备案，当印章的真实性发生争议时，就无法保护自己的权益。公司合同专用章的法律意义为，合同当事人在合同上加盖合同专用章，表明合同要约、接受阶段已经结束，双方权利义务得到最终确认，从而确定本合同是经双方协商确定的。对双方具有法律效力，当事人应当根据合同行使权利、履行义务。
二、公司专用章和公司合同章的区别有哪些
从法律上说，公司公章与公司合同专用章在合同签署的效力方面没有差异，公司之所以在公章之外，还另行刻制合同专用章，主要原因如下：
1.因为公司公章与公司合同专用章在使用与管理上存在区别。
第一，二者的管理部门不同。公司合同专用章的管理部门一般为法律部门，公司公章的管理部门一般为公司的综合管理部门。
第二，用途范围及效力不同。公司合同专用章专用于合同的签订，其效力仅限于合同签订。公章则具有代表公司的功能，其效力除了合同的签订以外，还可涉及及于公司一切事务，如文件、通知及证明等，具有行政管理作用。
2.因为公司的合同工作具有常规性、专业性、使用合同专用章可以实现合同的专项管理，更好地控制合同风险。
因此公司在签订合同时加盖合同专用章，可以使得合同生效经过法律部门人员的审查把关，能够有效防止合同不经法律审查就直接对外签订生效问题的出现，能够更好的建立和完善合同避险制度，严格把控合同签订时的法律风险。
三、合同专用章怎么办理
第一，合同专用章的办理机构是单位所在地县级以上公安局。
第二，合同专用章办理时需要的文件资料有公司营业执照复印件、税务登记证复印件以及该证件会在办理机构现场核实相应的原件。具体的证件资料要求以当地办理机关要求的文件为准。
第三，持上述文件资料前往单位所在地公安局对合同专用章进行备案，备案后则可以到相应的刻章代理点进行印章刻制。